هیئت‌های مذهبی به‌عنوان نهادهایی ریشه‌دار در جامعه، افزون بر کارکردهای دینی و آیینی، ظرفیت‌هایی در زمینه مشارکت اجتماعی و تقویت سرمایه اجتماعی دارند. هدف پژوهش حاضر، تحلیل کارکردهای حکمرانی مطلوب در هیئت‌های مذهبی شهر یزد است. این پژوهش با رویکرد کیفی و بر اساس نظریه داده ‌بنیاد با رویکرد نظام‌مند اشتراوس و کوربین انجام شد. داده‌ها از طریق مصاحبه‌های نیمه ‌ساختاریافته با ۳۵ نفر از فعالان هیئت‌های مذهبی، مسئولان و نهادهای مرتبط و استادان حوزه و دانشگاه گردآوری شد. همچنین، تحلیل اسناد مرتبط و مشاهده مشارکتی در پنج هیئت مذهبی انجام گرفت. نمونه‌گیری به‌صورت هدفمند و با راهبرد حداکثر تنوع تا دستیابی به اشباع نظری ادامه یافت. داده‌ها با استفاده از نرم‌افزاراطلس‌تی‌آی (ATLAS.ti) و طی مراحل کدگذاری باز، محوری و انتخابی تحلیل شدند. در مرحله کدگذاری باز، ۲۴۳ مفهوم اولیه استخراج و در قالب ۶۷ مقوله فرعی سازمان‌دهی شد. در نهایت، سه مقوله اصلی رهبری، مدیریت و اجتماعی شناسایی و در قالب الگوی نظری پژوهش یکپارچه شدند. یافته‌ها نشان داد در بعد رهبری، رهبری دینی و معنوی، الگوسازی اخلاقی و جهت‌دهی ارزشی؛ در بعد مدیریت، پاسخ‌گویی و شفافیت، قانون‌مندی و نظم، کارآمدی و اثربخشی و برنامه‌ریزی راهبردی؛ و در بعد اجتماعی، مشارکت و هم‌افزایی جمعی، عدالت و شمول اجتماعی و اجماع و گفت‌وگو، از مهم‌ترین مؤلفه‌های حکمرانی مطلوب هستند. یافته‌ها نشان داد هیئت‌های مذهبی از طریق تقویت اعتماد، همکاری و مشارکت مردمی، ظرفیت ایفای نقش به‌عنوان نهادهای اجتماعی و واسط در فرایند حکمرانی را دارند.